Il Dipartimento di Biologia Evolutiva e Funzionale è nato nel 1996 dall'unione di due Dipartimenti preesistenti: il Dipartimento di Biologia e Fisiologia Generali (formatosi con la fusione dell'Istituto di Zoologia e dell'Istituto di Fisiologia Generale) e il Dipartimento di Biologia Evolutiva e Orto Botanico (a sua volta formato dall'unione dell'Istituto di Botanica e della sezione di Biologia Evolutiva dell'Istituto di Genetica).

Nella quasi totalità dei casi i componenti di questi Dipartimenti sono passati nell'attuale Dipartimento.

Successivamente, nel 2001 il Museo di Storia Naturale, con il relativo Personale, è afferito al Dipartimento di Biologia Evolutiva e Funzionale, costituendone una specifica Sezione, mentre nel 2003 la Sezione di Biologia umana si è distaccata, per andare a confluire nel neocostituito Dipartimento di Genetica, Antropologia, Evoluzione.